НИИ автоматической аппаратуры образован в 1956 году для работ по созданию автоматизированных систем управления.
Основными научно-техническими достижениями института за последние годы является создание для использования в командных трактах высоконадежного, отказоустойчивого базового вычислительного комплекса, функционирующего под управлением отечественной защищенной операционной системы, а также высокопроизводительных центров коммутации телекоммуникационной сети и семейства взаимоувязанных геоинформационных систем.
Многолетний опыт работы, имеющийся научно-технический потенциал, наличие необходимых производственных мощностей и уникального стендового оборудования позволяют институту выпускать комплексы с высокими качественными характеристиками, отвечающими современным требованиям.
При разработке систем и комплексов особое внимание уделяется решению проблем информационной безопасности, включая вопросы защиты от несанкционированного доступа и несанкционированной выдачи специальной информации.
Институт за все годы деятельности выполнил и внедрил в серийное производство более 300 опытно-конструкторских работ (ОКР). По результатам выполнения этих работ сотрудники института были удостоены высоких правительственных наград.
При АО «НИИАА» имеется диссертационный совет по защите кандидатских и докторских диссертаций, научно-технический совет, базовая кафедра Российского технологического университета МИРЭА.